柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：广濑铃 菅田将晖 宫野真守 松隆子 花泽香菜 浅沼晋太郎 丰永利行 梶裕贵 三木真一郎 樱井孝宏 根谷美智子 飞田展男 宫本充 立木文彦 斋藤千和 岛村侑 新垣樽助 种崎敦美 井之上润 小原好美 广田悠美 内田修一
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演员：花江夏树 鬼头明里 下野纮 松冈祯丞 日野聪 平川大辅 石田彰 樱井孝宏 小西克幸 早见沙织 铃村健一 关智一 杉田智和 森川智之 佐藤利奈 三木真一郎 桑岛法子 本渡枫 大地叶 小原好美 古贺葵 小山力也 丰口惠美 榎木淳弥 伊濑茉莉也 笠间淳 千本木彩花 江口拓也 山村响 广濑裕也 高桥伸也 秋保佐永子 仲村宗悟 中惠光城
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